Der Name MacPherson leitet sich von dem gälischen Mac-a-Phearsain (Sohn des Parson) ab. Dieser Parson war wahrscheinlich Muriach, ein Geistlicher aus Kingussie, der im 12. Jh. lebte und von dem drei Enkel abstammen; die drei Hauptclane von Cluny, Pitmean und Invereshie.

Im Laufe der Jahre entwickelte sich die Familie von Cluny zur wichtigsten der drei. Die Macphersons besitzen eine ununterbrochene Linie bis zum Gründer des Clan Chattan und stritten sich Jahrhunderte lang mit den Mackintoshes über die Führerschaft der Clan-Chattan-Konföderation.

Der Clan erhielt für seine Unterstützung von Robert the Bruce im Kampf gegen die Comyns die Ländereien von Badenoch. Zusammen mit anderen Mitgliedern des Clan Chattan besiegten sie 1386 die Camerons in der Schlacht von Invernahavon.

Die Macphersons wurden 1594 auf Parlaments-beschluss in der Roll of Broken Clans erwähnt. 1609 unterzeichnete der Chief der Macphersons ein Abkommen, das die Mackintoshes als Chief des Clan Chattans anerkannte, doch ihre Loyalität war eher die von Alliierten als die von Vassallen.

1715 unterstützten die Macphersons aktiv die Stewarts, und 1745 stellte Euan Macpherson of Cluny 600 Mann für die Armee von Prinz Charlie auf. Sie kamen nicht rechtzeitig an, um an der Schlacht von Culloden teilzunehmen, halfen aber Prinz Charles bei der Flucht. In den folgenden Verwüstungen wurde des Haus der Clunys niedergebrannt, und der Chief hielt sich neun Jahre lang versteckt, hauptsächlich auf seinem eigenen Besitzgrund. 1755 entkam er schließlich nach Frankreich, wo er starb. Die verpfändeten Besitztümer von Cluny wurden 1784 zurückerstattet und Cluny-Castle wurde wiederaufgebaut.

CREST: Sitzende Katze mit wehrhafter Tatze

MOTTO: Berühre die Katze nicht ohne Handschuh.  

PFLANZE: Weißes Heidekraut